Los primeros pasos en formación educativa de los Ngobe de kankintú, se inicia en 1950 en la Primera capilla construida de palo y penca por los propio fundadores y con acompañamiento del Reverendo Roberto Doherty. Este rancho cumplia dos funciones, durante el día era un salón de clase y por la noche un centro de oración. El primer Maestro Voluntario que dirigio la labor educativa fue es señor Victoriano Bilbord, considerado como uno de los artífice de este proyecto. Los padres de familia al ver cristalizado esta meta, emprende la tarea de construir un rancho propio para la escuela, desde Changuinola, el señor Alejandro Wrigth recolecto los fondos para comprar el zinc y los clavos. Esta visión comunitario logró la construcción de un rancho con techo de zinc, que se convertiría posteriormente en la Primera Escuela formal de Kankintu. Así surge la labor educativa de Kankintu. De este modo, se conjugaron el esfuerzo colectivo de ideas, trabajo, responsabilidad compartida entre los moradores y el equipo misionero liderado por el Reverendo Roberto Doherty.
Esta Escuela funcionó por más 16 años sin el reconocimiento oficial del Ministerio de Educación, no es hasta el año de 1966, cuando a través del Decreto 260 del 17 de mayo de 1966, se oficializa la Escuela de Kankintu. En ese año los líderes de la comunidad y el Revendo Roberto Doherty veían cristalizado una de sus grandes metas, la educación de la población Ngobe de Kankintu. Sin embargo, esta dinámica de trabajo colectivo y organizado, se vio interrumpida con la salida del Reverendo Roberto Doherty de la Misión de Kankintú en 1967, cuando la orden religiosa de los Paulinos son retirados de la Provincia de Bocas del Toro. Desde ese año en adelante, serían la orden religiosa de Agustino Recoletos, quienes se hacen cargo de continuar con la labor misionera en Kankintu y Krikamola.
Con la salida del Reverendo Roberto Doherty de Kankintú, se cambia todo el proceso iniciado desde la visión ngobe. Con menos de un año de estar los Agustinos Recoletos al frente de la Prelatura de Bocas del Toro; presentan ante el Ministerio de Educación los planes de funcionamiento de la Escuela de Kankintú como una escuela "parlticular". Esta propuesta se realizó sin el debido conocimiento y anuencia de los moradores, es decir, no existen evidencia que demuestren que los lideres ngobe (fundadores) estuvieran de acuerdo con tal iniciativa.
A raíz de la solicitud presentada por la Prelatura de Bocas del Toro, el Ministerio de Educación modifica unilateralmente el Decreto 260 del 17 de mayo de 1966 y promulga uno nuevo, el Decreto 587 del 3 de octubre de 1967 que crea el Centro Vocacional Indigenista San Agustín de Kankintú. Iniciando a partir de 1968 con una partida presupuestaria para rentas y gastos por la suma de 10,000.00 (diez mil), desglosado de la siguiente manera:
- Nombramiento de docente B/ 6,480.00
- Cocina y comedor escolar B/ 1,800.00
- Centro comunitario B/ 770.00
- Implementos y equipos B/ 950.00
* Fuente: Gaceta Oficial Nº 24,352 del miércoles 25 de julio de 2001
Desde los inicios de la labor educativa en la Escuela de Kankintú, la congregación de las Hermanas Capuchinas y después las Hermanas Lauras, son y serán las que por más de 40 años dirigió, organizó y administró la acción docente en la Escuela de Kankintú, hasta su retiro de la región de Krikamola. En honor a la verdad y haciendo justicia, recordamos misioneras ilustres como la hermana Licinia, Adela Franco, Luz Maria (zuli) y otras, que ayudaron en la formación educativa de muchos ngobe de Kankintú.Para la década del 90 crece la población escolar en primaria y los graduandos no tienen posibilidad de continuar estudios secundario, ya sea por carencia de recursos económicos u otros factores. Esta situación obliga la constitución de la Federación de Padres de Familia de la Región de Krikamola y alrededores, como voceros oficiales de esta problemática. Posteriormente y mediante una gira que realizó la Directiva de la federación a ciudad de panamá en 1995, es cuando formalmente se solicita la creación del Colegio Secundario de Kankintú al entonces Ministro de educación, Pablo Thalassinos. Esta iniciativa no prosperó debido a la oposición política de algunos funcionarios y del legislador de turno.
Con el cambio de gobierno en 1999, el ex legislador Samuel Binns Villagra oriundo de kankintú, solicita la inclusión de una partida extraordinaria para el Ministerio de Educación para la construcción de la infraestructura del Colegio de Kankintú. La solicitud del ex legislador fue aceptada y se aprobó una partida presupuestaria por el valor de $ 400,000.00 mil dólares.
Así se inicia el sueño que por muchos años estuvo ignorado, pero que ahora se convierte en realidad por el esfuerzo comunitario y el respaldo del Estado.
Después de varios años de funcionamiento del Colegio de Kankintú, el Ministerio de Educación emite el Decreto 228 del 20 de julio de 2006, por el cual se oficializa el Colegio Secundario de Kankintú, que está bajo la supervisión de la Dirección Nacional de Educación Media Académica.
